Der dem Eggegebirge nach Osten hin vorgelagerte Berg dürfte bereits bei den germanischen Cheruskern, die zwischen Egge und Harz ihren Wohnsitz hatten, besondere Bedeutung gehabt haben.
Nicht ohne Grund wird vermutet, dass die Iburg – der Name wird als „Eibenburg“ gedeutet – schon früh ein germanisches Stammesheiligtum war, welches der kultischen Verehrung der Eibe galt. Diese war der Totenbaum, „in dem die Seelen der Gestorbenen gebannt blieben“.
Ob die Iburg auch militärisch von Wichtigkeit war, ist nicht auszumachen, doch dürften in ihrer unmittelbaren Nähe im Jahre 9 n. Chr. die Legionen des Varus vorbeigezogen sein, die dann in den von dem Cheruskerfürsten Arminius gelegten Hinterhalt gerieten und vernichtet wurden. Für die nachfolgenden Jahrhunderte fließen die geschichtlichen Quellen nur spärlich. Erst Einhart, der Geschichtsschreiber Karls des Großen, berichtete in seinen Annalen, dass im Jahre 753 bei einem Zuge Pippins durch das Sachsenland auf der Iburg (in monte Quod dicitur Iburg) ein Kampf stattgefunden habe, in welchem der Begleiter des Königs, der Erzbischof Hildegarius von Köln, erschlagen worden sei. Zu dieser Zeit dürfte der Berg befestigt und Hauptburg des Nethegaues, des Gebietes der Zuflüsse der Nethe, gewesen sein. Ob sie auch als Standort der Irminsul, jenes berühmten, von Karl dem Großen im Jahre 772 zerstörten sächsischen Heiligtums anzusehen ist, lässt sich nicht beweisen, obwohl gewichtige Gründe dafür sprechen.
Der Mönch Gobelin Person, Geschichtsschreiber um 1400, und mit ihm eine Reihe ältere Autoren berichten in historischen Aufzeichnungen von einem weiteren Zug Karls in das Land der Sachsen im 7. Jahre seiner Regierungszeit, auf dem auch die Festung „Iborch“ eingenommen wurde. Von nun an war die Iburg Königsgut, und 799 schenkte sie der Frankenkönig auf Bitten des Papstes Leo III. der Paderborner Kirche.
Im 10. Jahrhundert gehörte die Iburg zum Besitz des eineinhalb Wegstunden entfernten Kloster Heerse, einem hochadeligen Frauenstift, das 868 vom Paderborner Bischof Luthart und seiner Schwester Walburga gegründet worden war. Einige Klosterangehörige zogen sich bis zu ihrem Lebensende als fromme Einsiedlerinnen in die Einsamkeit des Berges zurück. So die in der „passio undecim milium virginum“, cap. IV ihres „heiligmäßigen Lebenslaufes“ wegen erwähnte Helmtrud und die in einem Nekrolog aus dem 14. Jahrhundert genannte Nonne Ava. Im Jahre 1134 gründete Bischof Bernhard I. auf der Iburg ein Benediktinerinnenkloster, von dem heute noch Mauerreste vorhanden sind. Doch schon nach wenigen Jahren verließen die Nonnen „wegen der ungünstigen Lage des Ortes, wegen der Unfruchtbarkeit des umliegenden Erdreichs und wegen der Unwirtlichkeit der Wälder oder der Einöde“ den Berg und siedelten nach dem zweieinhalb Stunden entfernten Gehrden über.
Während der Regierungszeit Bischofs Bernhard II.(1186 bis 1203) war das Bistum Paderborn immer wieder kriegerischen Unruhen durch die Waldecker und Schwalenberger Grafen ausgesetzt. Zur Sicherung seines Territoriums schuf Bernhard befestigte Anlagen, zu denen auch die Iburg gehörte. Auf dem Berg wurde eine neue Burg errichtet und mit Rittern und Burgmannen besetzt, deren erster „Ludolfus de Iburg, ministerialis“ ist. In einer anderen Urkunde des Jahres 1227 ist von einem Ritter „Hermann de Bracle“ und „omnes castrenses de Yburg“ die Rede. Zwei Rittergeschlechter hatten fast zwei Jahrhunderte hindurch auf der geräumigen Burg ihren Wohnsitz.
Seit 1231 war die Kirche auf der Iburg Archidiakonatskirche und damit Mutterkirche der zum Archidiakonatsbezirk gehörenden Pfarreien, zu denen auch Herstelle an der Weser zählte. Das Amt des Archidiakon war dem Domkämmerer in Paderborn zugewiesen. Als um das Jahr 1320 Bischof Bernhard V. im nahen Dringenberg eine Burg errichten ließ, verlor die Iburg an Bedeutung. 1444 wurde sie in einer Fehde durch den Herzog Otto von Braunschweig niedergebrannt und dann nicht wieder aufgebaut.